Первый компонент этого названия — общетюркское слово «ала» («пестрый») — то же самое, что в татарском слове «алабуга» («пестрый бычок» — вид рыбки). Рыбки такие (судя по всему, пескарики) в изобилии плавали в речке Елабуге, на берегах которой, когда пришла пора брать враждебную Казань в кольцо русских крепостей, был построен город Елабуга.
Вторая часть названия -тырь лишь подтверждает эту версию. Есть в Оренбургской области речка Юшатырь, название которой тамошний исследователь Стрельников совершенно правильно переводит с татарского как «яшмовая крепость».
По-татарски и по-чувашски рубленная из дубовых кряжей сторожевая башня называется словом «тура». Когда стрельцы хотели где-нибудь обосноваться надолго, они строили такие «туры» с частоколом между ними. Так, на землях Кучума в том же XVI столетии возникли русские городки Тура и Туринск.
Таким образом, Алатырь в переводе обозначает «речка у крепости, где водятся пескарики».
Источник: Нижегородский рабочий, № 18 от 03.02.09 г.